本工程中心实行学术委员会监督下的中心主任负责制，中心下设信息技术部、数据管理部、合理用药研究部和社会服务部，机构设置如下图所示：

中心主任由学术带头人易法令教授担任，全面负责中心的科研活动、资源调度及行政管理等工作。学术委员会成员主要由全国知名的同行教授、专家组成，他们主要职责是把握中心的科研方向，推动人才培养和学术交流。

信息技术部、数据管理部、合理用药研究部、社会服务部是整个中心的核心灵魂，4个部门相辅相成，实行项目组长负责制。项目组长负责项目的研究计划、人员分工、科研经费使用和收益分配，负责全面完成项目任务。中心负责对项目组长进行监督并向项目组提供各种技术和实验条件保障。

办公室负责工程中心日常的行政管理、财务和资产管理工作，协助中心主任调配中心各部门之间的人力及设备资源，参与完成中心成果的推广和产业化工作。